Pirmoji medinė bažnyčia pastatyta 1604 m. Ji buvo Birštono parapijos filija. Vyskupas Benediktas Vaina Birštono bažnyčią 1609 m. pavertė Prienų parapijos filija. Prienų bažnyčiai 1609 m. dovanotas Bagrėno palivarkas su trobesiais ir Bagrėno kaimas su 33 valakais žemės. Klebonas įpareigotas išlaikyti vikarą. Klebonas turėjo būti lietuvis arba gerai mokėti lietuviškai. XVII a. pradžioje veikė parapinė mokykla. Nuo 1644 m. pradėtos rašyti metrikų knygos. Klebono Vaitiekaus Izdebskio rūpesčiu 1674 m. pastatyta nauja bažnyčia.
1750 m. pastatyta dabartinė medinė. Ji 1875 m. remontuota, paplatinta. Tuo metu šventoriuje pastatyta mūrinė koplyčia. Naują bažnyčią 1885 m. konsekravo Seinų pavyskupis Juozapas Olekas. 1906 m. įsikūrė „Žiburio“ draugijos skyrius (pirmininkas kunigas Juozapas Rudaitis). 1907 m. įkurta biblioteka - skaitykla. Bažnyčioje sumontuoti garsaus lietuvių meistro Jono Garalevičiaus pagaminti vargonai. 1918 m. įsteigta „Žiburio" gimnazija, kurios ilgametis direktorius buvo kunigas Feliksas Martišius (1879–1955).
Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia suremontuota. Prienų klebonas Juozas Zdebskis 1971 m. rugpjūčio 26 d. areštuotas, už vaikų katekizacįją nuteistas 1 m. kalėti Pravieniškėse.
Atsiliepimai